内容は、横スクロールのアクション＋ストーリームービー部分の組み合わせ。技術的に、また容量的に制限された中なので、ムービーは正直紙芝居に毛が生えた程度（絵柄自体は、ドット絵であることを考えると相当頑張っているほうだと思う）だが、そんなことは問題ではない。
昭和カラー版ファンにとってはこれはとてもとても貴重なアイテムなのだ。
このメガCD版のストーリーを簡潔に説明するならば、
「ヨミ編」に「ミュートス編」を足してもんのすごく端折った
ということになるだろう。（ヘレンがヘレナを兼ねていて、地底には行かずに魔神像との戦いになる）
・途中ものすごくさりげなく（特に説明もなく）0010と0011が出てくる。その他、一点もののはずのキャラが量産されて出てくる
・アポロンの顔が妙にブサイク
・009の戦いはそもそも銃＋加速だけでメンバー中もっとも面白みに欠けるため、戦闘パートがあまり面白くない
・009以外は闘わない（どころか、005・006・007・008に至っては声すらない）
など、ケチをつければキリがないけれど、メガドライブの最大の強みは「声を出せる」ことだった。
そしてえらく端折ったストーリーながら、クライマックスの場面はかなり丁寧に原作から場面やセリフを持ってきている。
加えて、キャストが昭和カラー版にほぼ準拠している。
ということは、独自ストーリーのまま消化不良に終わってしまったTV版の最終回（というかあの最終回、009たちはほとんど何もやってないし）ではなく、
井上和彦の声で「あとは勇気だけだ！」を、
野田圭一の声で「生まれて初めて…あなたに祈ります」
そして「君はどこに落ちたい？」を、
山田俊司（あえてキートン山田とは言わない）の声で「生まれてこの方…」を聞ける！！！
ということなのだ。
このバージョンのキャストに思い入れのある009ファンにとって、これは歴史的なことだった。（原作準拠のラストがアニメ化されたのは平成版が初で、昭和版キャストは新旧含めて「ヨミラスト」を演じていない）
逆に言えば、「そういう思い入れがなければ、特にアクションゲームとしてみるべきところはないソフト」なのも事実だが。
ソフト自体は今でも買えるけれど、今からメガドライブを買うのもなあ、しかも私はアクション苦手だしなあ…と、私の中で「幻」になっていた映像を、YouTubeで発見した。探してみるものだ。
そしてUP主（外人さんらしい？）に感謝。
このムービーは、OPとED及び戦闘シーンのBGMが差し替えられている編集版（音楽は昭和カラーの名盤「交響組曲サイボーグ009（すぎやまこういちの傑作のひとつ）」・平成版・超銀河伝説などからピックアップされている）。
OPが平成版（globe）だったり、EDが超銀河伝説、それも「命をおとすな〜」の方だったりするセンスはちょっと不可解なところもあるが、戦闘フェイズのほうはまあこんな感じかと。
・OP
こちらはゲーム本来のOP。
旧作の映画版のOPに準拠し、シルエットの絵柄を「赤くないマフラー」のものにしてはいるが、ポーズは旧作そのままだったりと芸が細かい。これは差し変えなくて良かったと思うが…
以下、メガCDのムービー。
全体が６分割されており、ラストを見るだけなら５，６だけ見ればまず十分かと。
・part 1
・part 2
・part 3
・part 4
・part 5
・part 6
キャスト
001 白石 冬美
002 野田 圭一
003 杉山 佳寿子
004 キートン山田
009 井上 和彦
ギルモア博士 八奈見 乗児
ヘレナ 白石 冬美
アポロン 広中 雅志
バン･ボグート 掛川 裕彦
スカール 塩屋 翼
その他
・イタリア版OP
しょっぱなから「サーイボーグ！サーイボーグ！」と能天気な歌声に脱力。orz
どこをどうやっても体に力の入らないサウンドと曲調。
サビに至って、「ああ、なんか1980年代の売れなかった香港映画のテーマ曲とかこんなんだよな」と気付いてさらに脱力。
なぜこうなるイタリアの人よ。
・ジェットにんぢん（MAD）
タイトルからモロ分かりだと思うが、002の出番をメインにしたMAD。誰だよこういうの作るの。……よくできてるじゃないの。まあすごくニンジンっぽいしな、彼。
